Tugas pokok Pusat Penelitian Sumber Daya Pesisr, Kelautan dan Perikanan yaitu melaksanakan bidang penelitian di bidang sumber daya pesisir, kelautan, dan perikanan.

Fungsi Pusat Penelitian Sumber Daya Pesisr, Kelautan dan Perikananyaitu sebagai berikut:

1. Melakukan penelitian pada aspek sosial ekonomi masyarakat pesisir, produksi (tangkap /budidaya), pengolahan hasil perikanan, dan lingkungan wilayah pesisir.
2. Melakukan desiminasi hasil penelitian kepada berbagai pihak terkait sebagai upaya meningkatkan kepedulian dan partisipasi masyarakat dalam pemanfaatan sumberdaya pesisir, kelautan, dan perikanan.
3. Menjalin kerjasama dengan pemerintah, swasta dan stakeholders terkait.